La evangelización se inicio en 1591, con la llegada a Culiacán de los jesuitas Gonzalo de Tapia, Martín Pérez y Pedro Méndez, cuya labor, aunada a la prudencia de Diego Martínez de Hurdaide nombrado Capitán y Justicia Mayor en 1600, contribuyeron a la pacificación de los mayos, quienes celebraron con Hurdaide un tratado de paz y alianza ofensiva - defensiva. Los mayos han sido identificados como la población indígena más amigable de las culturas en el desierto por lo que la cristianización de la tribu fue posible sin conflictos sangrientos.
Consumada la Independencia, yaquis y mayos se vieron involucrados en las luchas intestinas que se suscitaron en Sonora entre los Generales Urrea, Gándara y Pequeira y en las que tuvieron lugar entre las fuerzas liberales y las imperialistas, que se prolongaronn hasta 1866, año en que los franceses abandonaron a Sonora. Yaquis y mayos, no obstante, continuaron sublevados hasta 1868.
Bajo el gobierno de Porfirio Díaz fueron duramente atacados y despojados de sus tierras en el valle del Mayo y obligados a la gran rebelión india junto con los Yaquis y liderados por el indio Cajeme, a principio del siglo XX la rebelión fue sofocada después de más de veinte años. Pero la persecución e intentos de extinción por parte del gobierno central no mermaron fuerza a su intento por lograr un respeto por sus históricos territorios.
Con la revolución mexicana y dirigidos por Alvaro Obregón lograron incorporarse en el movimiento por reivindicación de tierras. Su valentía sobresalió y sensibilizó a muchos sobre las peticiones del grupo, sin embargo no sería hasta el gobierno de Lázaro Cárdenas que se les reconociera derechos y el reparto agrario les concedió ejidos propios y herramientas para aprovechar las ventajas que les otorgaban su fértil valle y un río caudaloso.
